Na mocy art. 31y ustawy  z dnia 31 marca 2020 r. o zmianie ustawy o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2020 r., poz. 568)  terminy dotyczące raportowania schematów podatkowych nie rozpoczynają się a rozpoczęte podlegają zawieszeniu w okresie od dnia 31 marca 2020 r. do dnia odwołania stanu zagrożenia epidemicznego i stanu epidemii ogłoszonego w związku z COVID-19, nie dłużej jednak niż do dnia 30 czerwca 2020 r. Oznacza to, że podatnicy otrzymali więcej czasu na dopełnienie swoich obowiązków sprawozdawczych z zakresu MDR, w tym na złożenie MDR -3 za 2019 rok. Nowe terminy odnoszą się zarówno do schematów podatkowych transgranicznych, jak i innych niż transgraniczne (tzw. schematów podatkowych krajowych).